侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆是关于南京大屠杀历史、日军“慰安妇”制度、世界反法西斯战争胜利的综合型博物馆。目前，纪念馆含侵华日军南京大屠杀史实展、“三个必胜”主题展、“二战中的性奴隶——日军‘慰安妇’制度及其罪行展”等三个基本陈列，展示了南京大屠杀、日军“慰安妇”制度、中国人民抗日战争伟大胜利的历史。共展出近4000幅照片，9992件各类文物，262部影像资料，智慧而严肃地表达了暴行、抗争、胜利、审判、和平五大主题。其中，美国牧师约翰·马吉牧师用于拍摄南京大屠杀历史影像的摄影机和影像资料已经被联合国教科文组织列入《世界记忆名录》。

纪念馆内现存三处南京大屠杀“万人坑”遗址，分别展示了1984年、1998-1999年以及2006年发现的遇难同胞遗骸。2015年12月，“三个必胜”新展馆和分馆南京利济巷慰安所旧址陈列馆建成后，纪念馆总占地面积10.3万平方米，建筑面积5.7万平方米，展陈面积达2万平方米。分布有7处广场、23座单体雕塑和一座大型组合雕塑、8处各种形式的墙体、17座各种造型的碑体。

纪念馆1997年被评为全国首批爱国主义教育示范基地，2006年被国务院颁布为“全国重点文物保护单位”，2008年被评为全国首批“国家一级博物馆”，2015年被中央精神文明建设指导委员会评为全国文明单位，2018年被评为“改革开放40周年”优秀先进集体。从2014年12月13日起，纪念馆作为南京大屠杀死难者国家公祭仪式的固定举办地。